Županija je formirana u 11. veku kao jedna od županija Ugarske i prvobitno je obuhvatala područja sa obe strane reke Drave (današnju Baranju i deo današnje Slavonije). Nakon osmanskog osvajanja u 16. veku, županija prestaje da postoji, a ovde se formira Mohački sandžak, administrativna jedinica Osmanskog carstva.
Krajem 17. veka, ovo područje postaje deo Habzburške monarhije, a Baranjska županija se obnavlja u okviru Habzburške Ugarske. Nova županija je, međutim, za razliku od srednjovekovne, obuhvatala samo područja na levoj obali Drave.
Trijanonskim sporazumom iz 1920. godine, predviđena je podela Baranje i Bačke između Kraljevstva SHS i Mađarske. Zbog nezadovoljstva ovom odlukom, deo stanovništva u delovima Baranje i Bačke koji su trebali da pripadnu Mađarskoj proglasio je 1921. godine kratkotrajnu Baranjsko-bajsku republiku. Nakon propasti ove republike, veći deo Baranje ušao je u sastav Mađarske gde je organizovan kao Baranjska županija. Manji, južni deo Baranje, koji je ostao u sastavu Kraljevstva SHS uključen je u sastav nove Bačko-baranjske županije.