Стефан Чарнецкий родился в 1599 году в небогатой шляхетской семье в родовом поместье Чарнца близ города Влощова на юге Польши. Один из десяти сыновей старосты хенцинского и живецкого Кшиштофа Чарнецкого и Кристины Жешовской.
16 мая 1648 года Чарнецкий был среди многочисленных польских дворян, которые оказались в плену у Богдана Хмельницкого после битвы под Жёлтыми Водами. Он был послан в цепях в Крым, откуда был выкуплен за большие деньги в 1649 году. После этого он вновь принимал активное участие в битвах против казаков во время восстания Хмельницкого, в том числе и в победной для поляков Берестецкой битве (1651), и в разгромной битве под Батогом (1652). В последней он едва избежал смерти, спрятавшись в стоге сена и наблюдая расправу казаков над несколькими тысячами поляков. Вследствие этого он всегда придерживался мнения, что никакие компромиссы с врагами Речи Посполитой невозможны.
После того, как в Польшу вторглись войска шведского короля Карла X, Чарнецкий первоначально командовал обороной Кракова, но был вынужден сдать город из-за отсутствия продовольствия. При сдаче города поляки смогли добиться ухода войска без взятия в плен. Чарнецкий прибыл в Глогувек и командовал в 1656 году вместе с градоначальником Ежи Любомирским. 1 февраля дивизия Чарнецкого пересекла Вислу, затем с марша взяла Сандомир и продвинулась к Пулавам, но потерпела поражение. Чарнецкий оставался верным королю даже тогда, когда бо́льшая часть армии, сейма и гетманов присоединились к шведам. Он организовал партизанскую войну, которая оказалась подходящим и эффективным средством против мощной огневой силы и высокой подвижности шведов. Чарнецкий нанёс шведам несколько серьёзных поражений, в частности при Ярославе[пол.] и Козенице в 1656 году, однако и сам был разбит небольшим шведским отрядом у Хойнице. Тем не менее, организованное под его руководством народное восстание против шведов закончилось успехом. Благодаря Чарнецкому король Ян II Казимир смог вернуться из ссылки и вновь встать во главе государства.
После ухода шведов из Польши и заключения союза с Данией, Чарнецкий командовал войском, посланным в Ютландию для изгнания шведов. После подписания Оливского мира, в котором были урегулированы все польско-шведские противоречия, Чарнецкий был переведён на восточную границу Речи Посполитой, где шла война с Россией. В 1660 году был назначен воеводой русским (польская должность) и командовал польскими отрядами в победоносных битвах под Полонкой[2] и на реке Басе.
В начале 1661 года польский сейм публично отметил заслуги Чарнецкого, а король Ян II Казимир наделил его титулами и богатствами.
Чарнецкий участвовал в провальном для польской стороны зимнем походе на Левобережную Украину 1663—1664 годов, в том числе в безуспешной осаде Глухова. После того, как в тылу поляков вспыхнуло крупное правобережное восстание, отделился с частью армии от Яна II Казимира и отправился на его подавление. В 1664 году Чарнецкий сжёг и разграбил хутор Суботов, ранее принадлежавший Богдану Хмельницкому. Чарнецкий разрушил гробницы Богдана и Тимоша Хмельницких в Ильинской церкви, а их останки приказал выбросить на рыночную площадь[3].
Несмотря на численное превосходство при осаде Медвина, Чарнецкий не смог одержать победу над оборонявшимся в нём небольшим отрядом русских войск во главе с Григорием Косаговым. Чарнецкий умер от огнестрельной раны через несколько дней после осады Ставища, в котором он после взятия приказал вырезать всех жителей, вне зависимости от пола и возраста. За шесть недель до смерти был пожалован титулом польного гетмана коронного. Погребён в родовом поместье Чарнца в построенной им церкви.
В художественной литературе
В рассказе Людмилы Улицкой «Пиковая дама» речь идёт о семействе современных потомков Чарнецкого, «лютого польского воеводы».
Героические деяния Стефана Чарнецкого в годы борьбы Речи Посполитой со шведской агрессией изображены в романе Г. Сенкевича «Потоп» (1886) и в снятом по нему одноимённом фильмеЕжи Гофмана (1974), роль полководца в котором исполнил Веслав Голас.
Adam Kersten, Stefan Czarniecki 1599—1665, I ed. Warszawa 1963, II ed. Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, Lublin 2005, ISBN 83-227-2545-0