В 80—90 годах двадцатого столетия Атлантическое побережье Канады было обильно представлено в АХЛ, но к 2004 году в регионе осталась только команда «Сент-Джонс Мейпл Лифс». В сезоне 2005/06 команда переехала в Торонто и сменила название на «Торонто Марлис».
30 декабря 2013 года «Торонто Марлис» принимали участие в матче на открытом воздухе, приуроченном к Зимней классике НХЛ. Соперником был фарм-клуб «Детройта» — «Гранд-Рапидс Гриффинс». Матч прошел на бейсбольном стадионе «Комерика Парк» в присутствии 20 337 зрителей. «Марлис» выиграли 4:3 по буллитам[2][3].
19 мая 2015 года со своих постов были уволены главный тренер Горд Динин и два его помощника — Дерек Кинг и Бен Саймон. Динину предложено место ассистента тренера, а Саймону работа в структуре клуба[4]. В начале июля 2015 года главным тренером был назначен Шелдон Киф; Динин стал вторым тренером; ассистентом тренера был назначен Эй-Джей Маклейн; Пьеро Греко и Райан Уорд сохранили свои должности тренера вратарей и видеотренера соответственно[5].
С сезона 2015/16 «Торонто Марлис» выступает в Восточной конференции[6].
В сезоне 2017/18 «Марлис» выиграли свой первый Кубок Колдера после победы в серии 4-3 над «Техас Старз». Это был первый профессиональный хоккейный титул для команды из Торонто с 1967 года.