Заповедные земли расположены на большом полуострове на северо-западном берегу Рыбинского водохранилища. Площадь заповедника более 112 тысяч гектаров, из которых 67 тысяч приходится на долю суши, а остальное — на прибрежные воды.
Административный центр — деревня Борок Череповецкого района.
Биолог Дарвинского заповедника Вячеслав Васильевич Немцев создал первую в мире ферму глухарей[3]. За полвека работы в этих краях ему удалось собрать и одну из богатейших коллекций бабочек, в которой представлены практически все «порхающие» насекомые, встречающиеся на Северо-Западе России или же залетающие сюда из мест постоянного обитания. Сегодня в целях охраны и дальнейшего изучения территорий Дарвинского заповедника в нём работают Отдел экологического просвещения (с 1999 года), Отдел обеспечения основной деятельности, Музей природы, в котором размещены несколько диорам и экспозиций о заповеднике.
Уникальной особенностью заповедной акватории Рыбинского моря стали торфяные острова. После заполнения водохранилища оказались затоплены многие торфяные болота. C течением лет гигантские пласты торфа всплывали и пускались в дрейф по волнам. Со временем на них появлялись трава и даже деревья.
Виды и подвиды, включённые в Красную книгу России
На территории заповедника обитают следующие виды, включённые в Красную книгу России.
Калецкая М.Л., Немцова С.Ф., Скокова Н.Н.Дарвинский заповедник // Заповедники СССР. Заповедники европейской части РСФСР. Часть 1 / В.Е. Соколов, Е.Е. Сыроечковский. — М.: «Мысль», 1988. — С. 152-184. — («Заповедники СССР»)). — ISBN 5-244-00148-5.