Родился в 1938 году в Москве в неверующей семье. После окончания школы поступил в фельдшерское училище, стал медиком, служил в армии в Подольске.
Позднее учился в Московском 2-м медицинском институте на педиатрическом факультете. Был лучшим студентом, единственным на курсе ленинским стипендиатом. Во время учёбы на втором курсе пришёл к вере благодаря своему брату Михаилу (позднее — схииеромонаху Рафаилу), подарившему ему первое Евангелие.
Анатолий учился во Втором медицинском институте. На втором курсе ему было рекомендовано прочитать книгу В. И. Ленина «Марксизм и эмпириокритицизм». Как сознательный студент, Берестов прочитал эту ленинскую работу от корки до корки и пришёл в ужас: «Если это — верх философии, то в чем же смысл жизни? Где его найти?» И вспомнил о Евангелии, которое подарил ему брат. Он стал искать у себя дома это Евангелие. Искал три дня. Перерыл всю квартиру, но найти не мог, хотя точно помнил, где оставлял книгу. На третий день обессиленный сел на стул и произнес про себя: «Господи, если Ты есть, сейчас же, сию минуту, пошли мне Евангелие!» И в эту самую секунду раздается звонок в дверь. Входит соседка: «Анатолий, я тут у Миши брала почитать книгу и забыла отдать. Возьми, пожалуйста». У него застучала кровь в висках. Это было Евангелие.
На пятом курсе руководством института был поставлен вопрос о его отчислении «за аморальное поведение» (посещение храма), а голосование вынесено на комсомольское собрание. Студенты-сокурсники отстояли своего товарища, посчитав, что вера в Бога не повод для исключения из высшего учебного заведения.
После окончания института женился, хотя женитьба была необычная: его духовный наставник, известный старец Троице-Сергиевой лавры, посоветовал ему стать монахом. Молодой человек был уже влюблён и серьёзно не воспринял совета старца, а благословение на женитьбу взял у архиерея. Узнав об этом, старец вздохнул: «Теперь поделать нечего — благословение архиерея выше моего. Имей в виду, Анатолий, ты проживешь с ней 10 лет, она умрёт, у тебя останутся от неё двое детей, и ты всё равно станешь монахом»[1]. В 1977 году скончалась его супруга, оставив ему на воспитание двоих детей[2].
С 1985 по 1995 года исполнял обязанности главного невропатолога г. Москвы. C 1991 года руководил Реабилитационным центром для инвалидов, страдающих детским церебральным параличом[4].
В настоящее время является заместителем заведующего кафедрой клинической физиологии и нелекарственных методов терапии ФПКМР РУДН[5][6].
С 1996 года — руководитель Реабилитационного душепопечительского центра во имя святого праведного Иоанна Кронштадтского на Крутицком подворье. Центр занимается реабилитацией лиц с наркотический и алкогольной зависимостью и пострадавших от занятий оккультизмом и деятельности тоталитарных сект[7].
Кроме публикаций в области педиатрии и неврологии, является автором большого количества книг, посвященных наиболее острым проблемам российского общества, таким как наркомания, оккультизм, взаимоотношения медицины и Церкви.
Научные публикации
Бадалян Л.О., Берестов А.И., Дворников А.В. Головные боли у детей и подростков. — М.: МП "Рарог", 1991. — 60 с. — ISBN 5-87372-001-0.
Иеромонах Анатолий (Берестов).Оккультное поражение человека // Расширенное заседание Общества православных врачей Санкт-Петербурга 8–10 мая 2001 г. — СПб.: Общество православных врачей Санкт-Петербурга имени свт. Луки (Войно-Ясенецкого), архиепископа Крымского, 2001.
Иеромонах Анатолий (Берестов), Горская Е.М., Николаев Н.Н. Удар по здоровью. Православие о современном питании и о биодобавках-обольстителях. — М.: Изд-во Душепопечительского Центра св. прав. Иоанна Кронштадтского, 2003. — 238 с. — ISBN 978-5-94264-007-1.
Выступление в краевом наркологическом диспансере 20 мая 2004 года // Приморские образовательные чтения памяти святых Кирилла и Мефодия: сборник тезисов и докладов. Выпуск 4. Владивосток, 17 — 21 мая 2004 г. / ред. свящ. Ростилав Мороз [и др.]. — Владивосток : Издательство Дальневосточного университета, 2005. — 232 с. — С. 217—227