Родился в семье Мибу (壬生), в районе, соответствующем современной префектуре Тотиги. В 14 лет принял монашество в Энряку-дзи (延暦寺) на горе Хиэй (比叡山) около Киото. Был учеником Сайтё.
Эннин вернулся в Японию в 847 году из-за религиозных притеснений, развёрнутых императором У-цзуном (кит.упр.武宗, пиньиньWǔzōng). В 854 году он стал настоятелем храма Энряку-дзи и главой школы тэндай-сю. Основал храм Риссяку-дзи Ямадэра (в современной префектуре Ямагата).
Эннин написал более ста книг. Его дневник путешествий в Китай (入唐求法巡礼行記, Нитто: гухо: дзюнрэй ко: ки) был переведён на английский язык профессором Эдвином Райшауэром под названием «Ennin’s Diary: The Record of a Pilgrimage to China in Search of the Law» (New York: Ronald Press, 1955). Эта книга считается одним из лучших описаний путешествий в танский Китай и государство Силла.
Пожалуйста, дополните её ещё хотя бы несколькими предложениями и уберите это сообщение. Если статья останется недописанной, она может быть выставлена к удалению. Для указания на продолжающуюся работу над статьёй используйте шаблон {{subst:Редактирую}}. (9 марта 2023)