Шужега расположена на левом берегу реки Северная Двина, в устье реки Шужега (Жужега), напротив деревни Плёсо. Ниже Шужеги по течению Двины находятся деревни Наволок и Чамово, а выше — Тулгас.
Шужега, также как и вся Архангельская область, находится в часовом поясе, обозначаемом по международному стандарту как Moscow Time Zone (MSK/MSD). Смещение относительно Всемирного координированного времени UTC составляет +3:00 (MSK, зимнее время) и +4:00 (MSD, летнее время).