Современное название село получило в 1911 году, когда широко отмечалось 200 лет со дня рождения самого известного уроженца села — Михаила Васильевича Ломоносова.
До середины XVIII века село состояло из двух деревень — Денисовки и Мишанинской, со временем присоединённой к самой Денисовке. Тогда же (в 1726—1765 годах) была построена каменная Дмитриевская церковь, и населённый пункт стал селом.
В Ломоносове находится единственное в России Художественное училище резьбы по кости им. Н. Д. Буторина. В 1885 году при участии великого князя Владимира Александровича был открыт ремесленный класс при Ломоносовском сельском училище под руководством М. И. Перепёлкина. 11 сентября 1930 года на базе Холмогорского учебного пункта резьбы по кости была образована художественная школа резьбы по кости. В 1943 году была открыта постоянно работающая косторезная школа[7][8].
↑Закон Архангельской области от 24.10.2014 № 202-11-ОЗ «О преобразовании муниципальных образований „Ломоносовское“ и „Холмогорское“ Холмогорского муниципального района Архангельской области путём их объединения»