Ранняя история храма не документирована. Первое упоминание о романской церкви на этом месте относится к 1221 году, однако согласно археологическим изысканиям в ту пору она уже была далеко не новой. В 1243 году церковь была передана Конрадом IVТевтонскому ордену, в 1315 году пострадала в огне большого городского пожара. От романской постройки сохранились только боковые башни, построенные примерно в 1250 году.
К строительству современной церкви приступили в 1317 году, о чём свидетельствует грамота майнцского архиепископаПетра фон Аспельта[нем.]. В то время Мюльхаузен был вторым после Эрфурта городом Тюрингии с населением до 10 тысяч жителей. Дата окончания строительства неизвестна; вероятно, оно относится к началу XV века. В 1512 году началось возведение центральной башни, однако успели заложить только её основание, в 1517 году грянула Реформация — церковь Святой Марии стала протестантской.
В 1846 году знаменитый берлинский архитектор Фридрих Август Штюлер, уроженец Мюльхаузена и сын пастора церкви Святой Марии, разработал проект реконструкции храма, предусматривающий возобновление строительства центральной башни. Сам Штюлер увидеть башню не успел, она была построена по его замыслу лишь в 1898—1903 годах. Неоготическую высокую центральную башню удалось гармонично вписать в средневековый ансамбль; и не скажешь, что она моложе стен церкви и её соседок — боковых башен — почти на полтысячелетия.
С 1975 года здание церкви Святой Марии перестало использоваться как приходская церковь, а стало музеем-мемориалом Томаса Мюнцера, почитавшегося в социалистической Восточной Германии как борец за свободу крестьян. После объединения Германии интерес к его фигуре заметно угас. В 1985—2001 годах в здании церкви проводились концерты, в XXI веке церковь Святой Марии используется как музейное пространство и концертный зал, службы здесь также проводятся, но нерегулярно.
Архитектура
Пятинефныйзальный храм (псевдобазилика) с широким центральным нефом и трансептом, равным по ширине залу, построен из местного травертина. Три башни у западной стены — центральная высотой 87 метров и две фланкирующие её боковые высотой по 42 метра — формируют узнаваемую панораму Мюльхаузена. Башни, квадратные в плане у основания и восьмиугольные в средней части, увенчаны остроконечными шпилями.
Rolf Aulepp: Neues aus dem alten Mühlhausen. Gräber und Bodenfunde in der Marienkirche. Die eingerillten Fische an der Marienkirche, zwei Glaubenssymbole? In: Mühlhäuser Museen (Hrsg.): Mühlhäuser Beiträge. Sonderheft 9. Mühlhäuser Druckhaus, Mühlhausen/Thüringen 1993, с. 52-59.
Ernst Badstübner: Das alte Mühlhausen. Kunstgeschichte einer mittelalterlichen Stadt. Koehler & Amelang, Leipzig 1989, ISBN 3-7338-0055-9.
Dehio-Handbuch der deutschen Kunstdenkmäler. Thüringen. Deutscher Kunstverlag, München 2003, ISBN 3-422-03095-6.