После низложения старшего брата Генриха был избран и коронован римским королём (1237); управлял в отсутствие отца Германией. С 1240 года Конрад активно начал вмешиваться в имперскую политику и агитировать князей в поддержкe своего отца. Когда Иннокентий IV, на Лионском соборе в 1245 году, объявил Фридриха низложенным, Конрад боролся с ландграфом тюрингенским Генрихом Распе, которого сторонники последнего провозгласили императором.
В начале 1252 года Конрад IV явился в Италию, подчинил Капую, взял и сурово наказал Неаполь (1253) и утвердился на юге полуострова. Папа Иннокентий IV воздвиг против него формальное обвинение в ереси и отлучил его от церкви.
В подготовке к походу в Верхнюю Италию Конрад IV умер от малярии в военном лагере около Лавелло21 мая1254 года.
Сердце и его внутренности похоронили в Мельфи. Тело Конрада было отвезено в кафедральный собор Мессины, но молния ударила в собор, и установленное для прощания тело короля сгорело ещё перед захоронением.