Назван по расположению вблизи устья Яузы.[1] Проезд известен с XIX века.[2]
Здания
Единственный дом, в настоящее время имеющий адрес по Устьинскому проезду — № 2/14, в нём размещается НИИ питания Российской академии медицинских наук.[3]
Это здание постройки 1780 года являлось частью комплекса Воспитательного дома, учреждённого по инициативе президента Российской академии художеств и шефа Сухопутного шляхетского кадетского корпуса И.И. Бецкого и одобренного Екатериной II. Государыня с наследником Павлом Петровичем была первая вкладчица: она единовременно пожаловала Воспитательному дому 100 тысяч рублей. Денежный взнос сделал известный французский философ-энциклопедист Дени Дидро. Большой вклад в строительство внесла династия знаменитого заводчика Демидова.