Этногенез турфанских уйгуров достаточно сложен, одними из первых в Турфанской долине в 2-1 тыс. до н. э. стали расселяться тохаро-иранские этносы, в том числе народность «чеши», они создали ряд государственных образований. С начала первого тысячелетия на территорию Восточного Туркестана и Турфанской долины, в частности, начинают проникать тюркские этнические группы, постепенно преобладая и тюркизируя местное ирано-тохарское население, последние памятники тохарской и иранской письменности датируются 7-8 вв н. э. Ко времени прихода уйгуров процесс тюркизации был практически завершен, к этому времени среди населения Турфана получает распространение древнеуйгурский (идыкутский) язык.
В Монгольской империи, турфанские уйгуры были влиятельным меньшинством, пользовались широкой автономией, и были широко представлены среди высших чиновников империи и купеческой верхушки[источник не указан 2890 дней].
С включением всего Восточного Туркестана, в том числе Турфана в состав Цинской империи, турфанцы более всех других уйгурских юртов, наряду с кумульцами были представлены среди местных чиновников цинского колониального аппарата на завоеванных землях, а также вплоть до начала 30-х годов XX в. пользовались внутренней автономией в виде княжества, во главе с хакимбеком[источник не указан 2890 дней].
В настоящее время в СУАР турфанцы ввиду малой урбанизированности, в основном заняты в сельском хозяйстве, виноградарстве, земледелии, животноводстве, а также в малом и среднем бизнесе, турфанцы также хорошо представлены в местных органах власти, практически большая часть глав народных правительств СУАР были выходцами из Турфана.