Рухолла Мусави Хомейни скончался 3 июня1989 года в возрасте 87 лет[4]. Сразу же после этого в правительстве президентаХашеми Рафсанджани пообещали, что будут активно содействовать развитию духовного наследия аятоллы. Сын Хомейни Ахмад решил похоронить своего отца рядом с могилами мучеников революции на кладбище Бехеште-Захра. Благодаря благотворителям, общественным организациям и государственным средствам, в течение 40 дней после смерти была построена погребальная камера[5]. 5 июня на похороны Хомейни пришло около 10 миллионов иранцев[6][7]. Во время прощания они прорвали оцепление и разорвали саван на память, после чего силы безопасности с помощью водомётов разогнали толпу, тело увезли на вертолете, а церемония была повторена через пять часов[8]. Строительство комплекса началось позже, под руководством архитектора Мохаммеда Теграни[9]. Параллельно, 4 ноября1990 годапрезидент ИракаСаддам Хусейн предложил построить мавзолей Хомейни в Кербеле[10].
В 1995 году рядом с Хомейни был похоронен его сын Ахмад, умерший в возрасте 49 лет по официальной версии от сердечного приступа из-за неперенесения смерти отца[11] (Ахмад был критиком пост-хомейнистской политики, вследствие чего некоторые обозреватели утверждают, что его устранили иранские спецслужбы)[12]. В 2007 году рядом с Хомейни была похоронена его жена и мать Ахмада — Хадидже Сакафи[13]. В 1995 году смотрителем мавзолея стал внук Рухоллы Хомейни[14].
В июне 2010 года Хасан Хомейни был вынужден прервать своё выступление на мероприятии, посвящённом 21-годовщине смерти отца, из-за организованной политической провокации. Вскоре после этого стали распространяться сообщения о том, что Хасан ударил по лицу министра внутренних дел Мохаммада Мустафу Наджара, вследствие чего некоторые обозреватели отметили, что это стало попыткой очернить Хомейни, поддержавшего оппозиционное «Зелёное движение»[23].
10 января 2017 года в мавзолее был похоронен сам Хашеми Рафсанджани, скончавшийся 8 января 2017 года в возрасте 82 лет. Запечатанный металлический гроб с лежащей на нём чалмой был удостоен общественного прощания в Тегеранском университете, во время которого молитву прочёл аятолла Хаменеи, а затем пронесён по улице Революции[англ.] в сопровождении десятков тысяч людей до мавзолея, где Рафсанджани был положен рядом с Хомейни[24][25][26].
Смотрителем мавзолея с 1995 года является внук Хомейни и сын Ахмада, Хасан[33]. Мавзолей является местом паломничества для миллионов мусульман Ирана и стран всего мира, ежегодно приходящих пешком и едущих на машинах почтить память Хомейни в день его смерти[34][35], а также — местом для выступлений государственных деятелей, в том числе Высшего руководителя Ирана[36], кроме того там проходят военные парады[37][38][39], символические визиты государственных деятелей, иностранных гостей[40] и послов[41]. Президент и члены правительства Ирана посещают мавзолей каждый год[42][43]. Немусульманам вход внутрь комплекса разрешён[3].
Площадь архитектурного комплекса из бетона и мрамора составляет более 150 тысяч квадратных метров и включает в себя жилой, культурный и туристический центр, рестораны, больницу, библиотеку, музей революции, архив фильмов, университеты для изучения ислама, семинарии, торговый центр, а также помещения для администрации и служб безопасности[52]. Кроме этого рядом располагаются торговые центры, сады площадью более 5000 гектаров[3] и автомобильная стоянка на 20 тысяч мест. По некоторым данным, правительство Ирана вложило в стройку, продолжающуюся уже 20 лет, около 2 миллиардов долларов США[53][54]. В будущем погребальный комплекс должен стать частью нового района Тегерана — «Город солнца» (перс.شهر آفتاب)[55]. Рядом с мавзолеем Хомейни расположена одноимённая станция[англ.]1-й линии[англ.]Тегеранского метрополитена.
Центром храмового комплекса является позолоченный купол на высоком барабане, окруженном четырьмя отдельно стоящими минаретами, высотой по 91 метр каждый — годы жизни Хомейни по лунному календарю. Святыня находится в окружении большой прямоугольной площади, разработанной для огромного количества посетителей. Своими размерами и наличием киблы мавзолей напоминает мечеть, но называется Хусейнией[56]. Внутри мавзолея расположена усыпальница со своим куполом и люстрой. В ней находятся надгробия могил, покрытые зелёным бархатом. Усыпальница представляет собой помещение с решётчатыми металлическими стенами, через отверстия в которых посетители бросают банкноты иранского риала в качестве пожертвований[57], либо в знак отказа от мирских благ или по туристической традиции[58]. Купол, украшенный витражами с 72 красными тюльпанами (символ мученичества у шиитов), опирается на восемь больших мраморных колонн, окружающих саркофаг, которые вместе с другими меньшими колоннами поддерживают потолок. Пол и стены облицованы полированным белым мрамором. Пол покрыт тонкими коврами. Главный купол делится на три высоты и символизирует собой три вехи в жизни Хомейни и истории Ирана:
42 метра — 1342 год Хиджры (1963 год), то есть начало протестного движения Хомейни против шаха.
68 метров — 1368 год Хиджры (1989 год), то есть смерть Хомейни.
С восточной и западной сторон купола находятся дворы площадью по 22 тысячи квадратных метров. Каждый двор имеет четыре портика, оформленных традиционной иранской мозаикой из 230 различных видов камней с цитатами из Корана. Над двумя портиками в северной и южной частях дворов находятся два купола, покрытые иранскими плитками цвета бирюзы. Таким образом, весь комплекс имеет пять куполов в честь пяти мусульманских святых: пророкаМухаммеда, имама Али, Фатимы Захры, имама Хасана и имама Хусейна[52][59].