Турнир проходил по системе плей-офф до стадии 1/8 финала, победители этой стадии вышли в групповой этап, проигравшие перешли в Кубок Конфедерации. В групповом этапе 8 команд были разбиты на 2 группы по 4 команды; 2 лучшие команды вышли в полуфинал, победители которого разыгрыли трофей в двухматчевом противостоянии.
Федерации, занимающие в рейтинге КАФ места с 1-го по 12-е, имели возможность выставить по 2 команды. Так как 3 федерации разделили 12-е место в рейтинге для сезона 2009, всем трём было дано право выставить по 2 команды.
Египетский клуб «Исмаили» отказался от участия, руководство клуба приняло решение участвовать в Арабской лиге чемпионов.[1] Таким образом, в турнире приняли участие 53 команды, представляющих 40 федераций.
Клубы двух федерации — Экваториальной Гвинеи и ЦАР — изъявили желание принять участие в турнире после окончания приёма заявок. Для них был организован промежуточный раунд, победитель которого мог пройти в 1/16 финала в случае снятия или отказа любого клуба на данной стадии, поскольку подобного не случилось, на этом их участие в турнире было окончено.
Жирным выделены 11 команд, начавших участие с 1/16 финала, минуя предварительный раунд.
Курсивом выделены клубы из ЦАР и Экваториальной Гвинеи, участвовавшие в специально организованном промежуточном раунде.
Федерация футбола Нигерии попросила перенести матч «Кано Пилларс» — «Хартленд» на более ранний срок в связи с подготовкой к юношескому чемпионату мира.
