Лежа начинается в лесном ненаселённом районе рядом с местом, где сходятся Вологодская, Ярославская и Костромская области, течёт на север, затем на северо-запад. Высота истока — 174,9 м над уровнем моря.[источник не указан 1371 день] Течение слабое, русло реки очень извилистое. В среднем течении рядом с устьем правого притока — Вохтожки — расположен посёлок городского типа Вохтога, стоящий на железной дороге Буй — Вологда.
В нижнем течении после впадения самого большого притока — Комёлы — Лежа выходит на обширную заболоченную низменность. Течение практически исчезает. Лежа впадает в Сухону в нескольких сотнях метров ниже устья Вологды. За пять километров до устья от Лежи отходит боковая протока, называемая Окольная Сухона, соединяющая её с Вологдой. Высота устья — 106,7 м над уровнем моря[5].