С 1790 года управляющим всех заокеанских территорий Северо-Восточнной компании стал Баранов. Компания вела торговлю, проводила мероприятия по закреплению за Россией открытых земель.
Кусков оставался за правителя на острове Кадьяк (1796 и 1800 годы), в Новоархангельске (1806—1814 годы), был начальником Константиновской крепости в Нучеке (1798—1799), управлял русским поселением в заливе Якутат (1802—1803), возглавлял экспедиции от залива Якутат до острова Ситха (1801—1802 годы).
Кусков был назначен комендантом крепости (до конца 1821 года). В колонии были заведены огороды, развито скотоводство, имелась судоверфь. Между представителем компании и вождями индейских племён был составлен договор (юридически закреплял передачу русских владений в Калифорнии в собственность Российско-Американской компании).
Отставка
В 1821 году И. А. Кусков вышел в отставку и 4 июля 1823 года вернулся на родину в Тотьму.
Похоронен на территории Спасо-Суморинского монастыря. Точное место не установлено, на месте предполагаемого захоронения стоит деревянный крест и лежит якорь.