Королевскую Пруссию необходимо отличать от Герцогства Пруссия: королевская Пруссия была частью Польши, а герцогство Пруссия находилось в вассальной зависимости от Польши как польский лен, а с 1657 года стало независимым (но находилось в личной унии с герцогством Бранденбург с 1618 года). В старых рукописях (до XVI—XVII веков) и на латыни термин Prut(h)enia' обозначал королевскую Пруссию, герцогство Пруссия, а также их общего предшественника — государство Тевтонского ордена. В современном языке уместно употреблять прилагательное Prut(h)enic.
Королевская Пруссия в составе Польши обладала значительной автономией. В провинции был свой собственный парламент, казначейство, денежная единица и свои войска. Она управлялась советом, подчинявшимся польскому королю, а членов совета избирали местные феодалы и богатые горожане. Пруссакам также были отведены места в польском Сейме, но вплоть до Люблинской унии они по собственному желанию не пользовались этим правом.