В Белграде работал высшим архитектором в Военно-морском министерстве в звании генерал-майора Югославской королевской армии[4], а также в архитектурном отделении Министерства гражданского строительства[5]. Стал известен прежде всего как автор проектов зданий Генерального штаба и Русского дома в Белграде. Основные реализованные Василием Баумгартеном в Югославии архитектурные проекты[2]:
здание Государственного ипотечного банка в Панчеве (1940; совместно с инженером Солодовым).
О взглядах Василия Баумгартена можно судить по его словам, сказанным в апреле 1933 года в присутствии членов королевской семьи во главе с королевой-консорт Марией, премьер-министра страны Милана Сршкича, видных представителей югославской интеллигенции на торжественном открытии возведённого по его проекту Русского дома[9]. Тогда Баумгартен подчеркнул[5]:
Студии Русского дома «служа порознь для работы различных общественных организаций русских художников, музыкантов, артистов и писателей, — в своём общем, гармоничном целом должны содействовать объединению служителей русского и югославянского искусства, которое повело бы всех нас вместе по пути к несомненно предстоящему пышному расцвету славянского искусства и культуры в грядущие светлые времена Объединённого Великого Славянства».
В числе прочего, Баумгартен стал участником выставки Объединения русских художников в Королевстве СХС (1928) и Большой выставки русского искусства (1930) в Белграде, в 1930—1931 годах был членом белградской художественной группы К. Р. У. Г. (кисть-резец-уголь-готовальня)[2]. Возглавил созданное там же Общество взаимопомощи воспитанников Николаевской инженерной академии и училища, входившее в состав IV отдела врангелевского Русского общевоинского союза (РОВС)[1].
Долгое время в Югославии считалось, что архитектор не пережил Второй мировой войны, хотя дата и место его смерти не были установлены[4]. Однако позже выяснилось, что после 1945 года Вильгельм Баумгартен эмигрировал с семьёй в Аргентину[3].
Последние годы своей жизни он провёл в Буэнос-Айресе. Там Баумгартен состоял председателем Общества галлиполийцев в Южной Америке (с 1951 года — отдел Общества галлиполийцев в Аргентине) и — с 1949 года — начальником отдела РОВС[1].
Василий Баумгартен женился незадолго до революции в России[10]. Супруга — Ксения (Кика) Михайловна Бенуа, в замужестве Баумгартен (1894—1965), племянница художника, историка искусства, критика Александра Бенуа[11].
Есть сыновья[1], известно и о внучке Марине[4].
