Desde a Idade Média até ao século XIX, as milícias tiveram uma importância primordial na organização militar portuguesa. Na Idade Média, as milícias municipais, mantidas pelos concelhos constituíram sempre o maior componente do Exército Português, ajudando a consolidar a centralidade do poder real, dado que diminuía a importância da ajuda prestada pelas tropas senhoriais.
Na sequência da Restauração da Independência em 1640, e da guerra que se lhe seguiu, existiu a necessidade de reorganizar o Exército Português. Foi decidido ir buscar o plano de organização militar de D. Sebastião, que em boa parte vinha já desde D. Manuel I, embora nunca tivesse sido completamente implantado. Era uma inspiração adicional, mais do que um decalque. Na verdade, muita da organização baseava-se no que existia já no exército espanhol. Na sequência dessa reorganização, o exército passou a ser constituído por duas categorias de militares. A principal (que mais tarde, já no século XVIII, irá ser designada por 1ª linha) era constituída pelas tropas profissionais (tropas pagas, como então se dizia), organizadas essencialmente em Terços de Infantaria, Companhias de Cavalaria e Troços de Artilharia. A outra categoria eram as tropas milicianas - termo utilizado na época, que tem sido frequentemente confundido com as Milícias de épocas posteriores, que viriam a ser conhecidas, a partir do século XVIII, como tropas de 2ª linha. No tempo da Guerra da Restauração, as tropas milicianas eram compostas pelas Ordenanças e, a partir de 1646 para a infantaria e de 1650 para a cavalaria, pelos Auxiliares. As Ordenanças compunham a 3° linha de tropas e eram usadas como reserva de recrutamento e defesa local.
Durante a Guerra da Restauração, as tropas Auxiliares começaram por não receber soldo, excepção feita aos oficiais. Mas a partir de 1657 passaram a receber o equivalente a metade do soldo das forças profissionais, quando entrassem em operações de combate. Vários terços de infantaria e companhias de cavalaria de Auxiliares passaram para o exército profissional na fase final do conflito, tornando-se tropas pagas de pleno direito.
Soldados granadeiros do segundo Terço auxiliar do Porto. 1762.
Em 1793, altura em que as Tropas Auxiliares passaram a ser chamadas Milícias existiam os seguintes unidades de 2ª linha:
Militares dos Terços Auxiliares do Brasil colonial.
A estrutura das Tropas Auxiliares é também implementada, com as devidas adaptações locais, em vários territórios do Ultramar Português, sobretudo nos locais onde existem mais residentes de origem portuguesa e onde, consequentemente, a organização social local segue mais de perto o modelo da Metrópole. De todos os territórios ultramarinos, é no Brasil que o sistema de Tropas Auxiliares irá atingir seu maior desenvolvimento.
Em 1793, as antigas Tropas Auxiliares, foram reorganizadas, passando a chamar-se Milícias. Na organização do Exército de 1806, o país foi dividido em 3 Divisões Militares Territoriais, por sua vez divididas em 24 distritos de recrutamento. A cada um desses distritos correspondiam 1 Regimento de infantaria de 1ª linha, 2 regimentos de milícias e 1 brigada de ordenanças. Além disso foram criados alguns regimentos não integrados. Assim, ficaram a existir as seguintes unidades de milícias:
A organização das milícias manteve-se durante a guerra civil entre Liberais e Miguelistas, havendo unidades dos lados dos dois contentores.
No Exército Miguelista, às milícias normais, foi acrescentado um escalão constituído apenas por voluntários, denominado "Corpo de Voluntários Realistas".
Já no Exército Liberal foi criado um corpo voluntários, denominado "Voluntários Nacionais".
Depois da implantação do Regime Liberal, as Milícias foram reorganizadas e transformadas na Guarda Nacional, agora com a função fundamental de segurança pública e de defesa do novo regime.
Depois da extinção da Guarda Nacional, Portugal só voltou a ter uma organização oficial de milícias, já no século XX, durante o Estado Novo, a Legião Portuguesa. A Legião Portuguesa estava, como a Guarda Nacional, vocacionada para a defesa do regime, mas nunca teve a importância daquela, nem das milícias suas antecessoras.
