Nos meses anteriores, o Presidente Jusuf Habibie tinha feito várias declarações públicas em que ele mencionava que os custos de manutenção de subsídios monetários para apoiar a província não foram equilibrados por qualquer benefício mensurável para a Indonésia. Devido a esta desfavorável análise custo-benefício, a decisão mais racional seria ser dada, à província, que não fazia parte dos limites originais da Indonésia até 1945, a escolha democrática sobre se queria ou não permanecer na Indonésia. Esta escolha também ficou em pauta com o programa de democratização geral de Habibie, no período pós-Suharto.
Como etapa de acompanhamento para o pedido de Habibie, a ONU organizou reunião entre o governo indonésio e o governo português (que detinha a autoridade colonial anterior sobre Timor-Leste).[1] Em 5 de maio de 1999, essas negociações resultaram no "Acordo entre a República da Indonésia e a República Portuguesa sobre a Questão de Timor-Leste". O referendo seria realizado para determinar se Timor Leste permaneceria parte da Indonésia como uma Região Autónoma Especial, ou separar-se-ia da Indonésia.[2] O referendo foi organizado e monitorado pela Missão das Nações Unidas em Timor-Leste (UNAMET) e 450 000 pessoas estavam aptas a votar, incluindo 13 000 timorenses fora dos limites territoriais do Timor-Leste.
Resultados
Foram apresentados, aos eleitores, as seguintes alternativas:[3]
Você aceita a proposta de autonomia especial ao Timor-Leste dentro do estado unitário da República da Indonésia?
Você rejeita a proposta de autonomia especial ao Timor-Leste, levando à separação de Timor-Leste da Indonésia?