O departamento foi criado durante a Revolução Francesa, em 4 de março de 1790 em execução da lei de 22 de dezembro de 1789, começando a partir da província de Rossilhão e duma pequena parte de Languedoc chamada Fenouillèdes (Fenolhedés em provençal e Fenolledès em catalão); porém, o território esteve sob jurisdição espanhola até 1659, e sua história confunde-se com a da Catalunha, que até hoje continua sob administração espanhola.
No século XIX, os Pirenéus Orientais foram um dos mais republicanos departamentos da França, em parte, graças a presença de François Arago, político e cientista nascido em Estagel.
Clima
O clima, típico mediterrâneo, torna possível ter os invernos relativamente suaves, com quedas de neve ocorrendo raramente nas planícies. Os verões são frequentemente quentes. Os ventos são intensos, em detalhe o Tramontana, vento do noroeste, que alcança frequentemente velocidades de mais de 100 km/h. O vento marinho traz a chuva para esta região.
Línguas
Além do francês, língua oficial da República Francesa, fala-se no departamento o catalão, exceto em Fenolheda, onde se fala o provençal.
