Começou a sua carreira profissional em 1984 ao assinar com a equipa Reynolds, depois de ter passado os oito anos anteriores na equipa Villavés.[1] No ano em que passou a profissional participou nos Jogos Olímpicos de Los Angeles, tendo terminado a temporada com dez vitórias.
Durante alguns anos correu o Tour ajudando o seu companheiro de equipa Pedro Delgado, o qual ganhou a corrida francesa em 1988.
Em 1989 tornou-se o primeiro espanhol a ganhar a clássica Paris-Nice e ganhou pela primeira vez uma etapa do Tour.
Ganhou pela primeira vez a Volta à França em 1991 arrebatando ainda a vitória em duas etapas.[1]
Na temporada seguinte (1992) conseguiu ganhar duas das três grandes provas por etapas (o Tour e o Giro, disputados respectivamente em França e em Itália), sendo ainda o primeiro espanhol a ganhar a corrida italiana. Em 1993 repetiu ambas as vitórias.[1]
Em 1994 ganhou o Tour pela quarta vez consecutiva, contudo o russo Eugeni Berzin bateu-o no Giro. Em Setembro deste ano conseguiu bater o recorde da hora, destronando Chris Boardman o anterior recordista. Contudo, passado apenas um mês, o suíço Tony Rominger melhorou a marca de Induráin.
Em 1995 ganhou pela última vez a Volta à França, sendo este o seu quinto triunfo consecutivo, ganhando ainda o campeonato do mundo de contrarrelógio.[1]