Pelo Bahia, participou de apenas 2 partidas e marcou nenhum gol, sendo pouco aproveitado.
Bragantino
Contratado pelo Bragantino em 2017, estreou pela primeira vez em 30 de julho, entrando como substituto em um empate fora de casa por 0 a 0 com o Ypiranga de Erechim, pela Série C de 2017.[8] Seu primeiro gol aconteceu em 9 de setembro, marcando o primeiro do clube do interior paulista em uma vitória por 3 a 2 fora de casa sobre o Tupi.[9][10]
Ficou muito bem conhecido também em 18 de março de 2018, por ter feito um gol importante que garantiu a vitória por 3 a 2 fora de casa sobre o Corinthians, pelas quartas-de-final do Campeonato Paulista de 2018.[11][12][13] Posteriormente, o Bragantino acabaria sendo eliminado depois da mesma competição na partida da volta.
Em 2018, virou um dos heróis do acesso na Série C de 2018, com 11 gols em 33 jogos na temporada, despertando o interesse de diversos clubes brasileiros.[14][15] Na sua primeira passagem pelo Bragantino, participou de 39 partidas e marcou 12 gols.
Sport
Em 3 de setembro de 2018, foi anunciado o empréstimo de Matheus Peixoto ao Sport até o final da temporada.[16][17][18] Sua estreia pelo clube pernambucano aconteceu em 16 de setembro, entrando como substituto em uma derrota fora de casa para o Corinthians por 2 a 1, pela Série A de 2018.[19][20] Suas atuações, porém, não impediram o rebaixamento do clube pernambucano à Série B de 2019.
Após uma passagem por empréstimo apagada no Sport, em 14 de dezembro de 2018, foi anunciado que Matheus Peixoto retornou ao Bragantino.[21] Sua reestreia pelo clube aconteceu em 19 de janeiro de 2019, entrando como titular em uma vitória em casa sobre o Guarani por 1 a 0, inclusive marcando o primeiro gol após seu retorno e o único da partida, pelo Campeonato Paulista de 2019.[22][23]
Além de ser um dos quatro remanescentes do Bragantino após a parceria com o Red Bull Brasil. Pouco utilizado no auge da Série B de 2019, Matheus Peixoto saiu do banco de reservas e ajudou a resolver os problemas do treinador Antônio Carlos Zago com relação ao setor ofensivo da equipe, fazendo inclusive a função de pivô.[24][25]
Sendo um dos destaques do Bragantino, o jogador foi um dos artilheiros da equipe na temporada e participou da equipe que foi campeã da Série B de 2019.[15] Na sua segunda passagem, Matheus Peixoto fez 41 partidas e marcou 10 gols.
Se tornou uma referência no Juventude, dos 9 gols marcados nas primeiras treze rodadas do time gaúcho pelo Campeonato Brasileiro de 2021, Matheus Peixoto fez sete gols. Além dos gols, as boas atuações apresentadas pelo jogador fizeram com que alguns times do exterior se interessassem na sua contratação.[39][40][41] Pelo clube, fez 27 jogos e marcou 12 gols.
Já o Juventude não recebeu nenhum valor. Isso porque quando acertou a contratação de Matheus Peixoto, o atacante Wesley, que cumpria pena em regime aberto por agressão à ex-namorada, viria junto. A repercussão negativa fez o Juventude acertar apenas a vinda de Peixoto e retirar os quase 20% que teria direito caso o centroavante fosse vendido no período do empréstimo.[42][43]
