Maria Ana da Baviera (em alemão: Maria Anna von Bayern; Munique, 21 de março de 1551 — Graz, 29 de abril de 1608), foi arquiduquesa da Áustria como esposa de Carlos II de Áustria.[1][2]
Ela era a filha do duque Alberto V da Baviera e da arquiduquesa Ana de Áustria.
Seus avós paternos Guilherme IV da Baviera e Maria Jacobeia de Baden-Sponheim. Já seus avós maternos foram o imperador Fernando I do Sacro Império Romano-Germânico, e Ana da Boêmia e Hungria, filha do rei Vladislau II da Hungria.
Maria Ana contraiu matrimônio com seu tio materno Carlos II de Áustria, com quem teve quinze filhos.