A expressão Mártires do Japão designa vários grupos de mártires cristãos que morreram no Japão devido à sua fé, como por exemplo:
No total contabilizam-se 205 mártires entre 1597 e 1637; 16 deles entre 1633 e 1637 e dois padres agostinianos em 1632 (Martín Lumbreras Peralta e Melchor Sánchez Pérez, beatificados em 23 de abril de 1989). Em 24 de novembro de 2008 foram beatificados Pedro Kibe Kasui e outros 108 mártires correspondentes ao período entre 1603-1639.
O xogunado e governo imperial tolerou inicialmente o estabelecimento de missões católicas e dos missionários, pensando aproveitar o facto de a presença dos cristãos vir a enfraquecer o poder dos monges budistas, e ajudar no comércio com Espanha e Portugal. Porém, o xogunado receou o colonialismo, vendo que as Filipinas tinham sido tomadas pelos espanhóis após a conversão da população. O governo xogum viu o cristianismo como uma ameaça, e começou a perseguir os cristãos. A religião católica foi banida e os que recusassem renegá-la eram executados.
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