Em 1699, casou com Guilhermina Amália de Brunsvique-Luneburgo, em Viena. Eles tiveram três filhos e seu único filho morreu de hidrocefalia antes de seu primeiro aniversário. José tinha uma paixão por casos de amor (nenhum dos quais resultou em filhos ilegítimos) e contraiu uma infecção sexualmente transmissível, provavelmente a sífilis, que transmitiu para sua esposa enquanto eles estavam tentando gerar um novo herdeiro. Este incidente tornou-a estéril. Seu pai, que ainda estava vivo durante esses eventos, fez com que José e seu irmão Carlos assinassem o Pacto Mútuo da Sucessão, assegurando que as filhas de José teriam precedência absoluta sobre as filhas de Carlos, nenhuma das quais nasceu na época, e que Maria Josefa herdaria ambos os reinos austríaco e espanhol.
José I (1678–1711), Imperador do Sacro Império Romano-Germânico
Como em muitos outros membros da Casa de Habsburgo, a endogamia é evidente em José I. Ele tinha apenas 12 bisavós em vez dos 16 usuais, pois do lado paterno seu bisavô Ferdinando II e sua bisavó Margarida da Áustria eram irmãos, o que fazia com que seus avós paternos, o Imperador Ferdinando III e Maria Ana de Espanha, fossem primos. Além disso, as suas bisavós paternas e maternas, Magdalena da Baviera e Maria Ana da Baviera, também eram irmãs, o que tornava o avô paterno de José, Ferdinando III, primo do avô materno, o Eleitor Filipe Guilherme.
↑Boak, Arthur Edward Romilly; Hyma, Albert; Slosson, Preston William (1943). The Growth of European Civilization (em inglês). 2. Nova Iorque: F.S. Crofts. p. 592
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