Depois da morte de Wallenstein ele se tornou, em 2 de maio de 1634, comandante-em-chefe e com o apoio dos generais Matthias Gallas e Octavio Piccolomini, tomou Donauwörth e Ratisbona, venceu em setembro de 1634 a Batalha de Nördlingen e expulsou os suecos do sul da Alemanha. Devido às suas conquistas ele adquiriu também influência política. Líder do partido pacifista da corte, ele ajudou a negociar a Paz de Praga com os Estados protestantes, especialmente com a Saxônia em 1635. Mais tarde seguiu as estratégias de guerra de seu irmão, o arquiduque Leopoldo Guilherme da Áustria.
Depois de Fernando ter conseguido que a Dieta em Ratisbona elegesse seu filho, Fernando IV, Rei dos Romanos, em 1653, apesar deste morrer antes dele em 9 de julho de 1654 e de ter estabelecido uma aliança com os poloneses contra os suecos, ele morreu em 2 de abril de1657.
A personalidade
Fernando tinha uma grande e imponente personalidade, igualmente religioso, porém menos fanático e nacionalista que seu pai, ao mesmo tempo um protetor das artes e das ciências, bom músico e compositor. Wolfgang Ebner publicou em 1648, em Praga, uma de suas árias com 36 variações; uma canção para quatro vozes, Melothesia Caesarea, a primeira parte de sua música sacra Masurgie, e uma simples canção para coral sobre o salmoMiserere foram publicados no jornal de LeipzigAllgemeinen musikalischen Zeitung, em 1826.
Maria (13 de maio de 1646), morreu algumas horas após seu nascimento.
Enviuvando Fernando III casou, em 1648, com sua prima Maria Leopoldina (1632–1649), Arquiduquesa da Áustria. Ela era a filha mais nova do arquiduque Leopoldo V da Áustria, conde do Tirol e de Cláudia de Médici. Deste casamento tiveram um único filho:
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