Filho de João Jacinto de Mendonça (natural de Angra do Heroísmo, Ilha Terceira, Açores) e de Florinda Luísa da Silva Mendonça[1]; neto paterno de André Francisco de Mendonça e Maria da Anunciação; neto materno de José Tomás da Silva e Eulália Maria da Cunha; irmão de João Jacinto de Mendonça.
Casou-se em 4 de dezembro de 1852, em sua cidade natal, com Clara Bárbara da Cunha (nascida em Pelotas a 4 de dezembro de 1834 — falecida a 5 de setembro de 1900), filha do comendador Alexandre Vieira da Cunha e de Maria Josefa Leopoldina da Silva. Tiveram quatro filhos.