Joana casou com João II de Navarra, em abril de 1444, viúvo havia três anos da rainha Branca I.[1] Embora João tivesse deixado de ser o monarca de direito de Navarra com a morte de sua esposa, este nunca cedeu o poder para seu herdeiro, o príncipe Carlos de Viana.[1] Tiveram dois filhos:
Fernando (1452-1516), que sucedeu ao pai no trono;
Joana apoiou seu esposo em sua decisão de não ceder o poder a seu filho e depois para sua filha, que era de direito Branca II de Navarra.[1] Tal quebra da lei de sucessão e o conflito entre fazendeiros e nobres levou à guerra civil.[1] Acusada de ter ordenado o envenenamento do príncipe Carlos,[1] seu enteado, Joana fugiu para Girona com seu filho Fernando, procurando a proteção do bispo.
Joana se tornou rainha de Aragão, Maiorca, Valência e Sicília, em 1458, ao morrer seu cunhado, Afonso V.
O maior desejo de Joana era casar seu filho com a princesa Isabel de Castela, meia-irmã e herdeira presuntiva do rei Henrique IV de Castela. Isto veio a acontecer em 1469, mas Joana morreu um ano antes, devido a um câncer de mama.
