No trecho oeste a fronteira é marcada pelo Rio Quaraí, afluente do Rio Uruguai e pelas "Coxilhas de Santana". No trecho mais a leste, a fronteira é marcada pelo Rio Jaguarão, que deságua na Lagoa Mirim, e pela porção sul dessa lagoa até o Chuí.
Existem duas áreas em disputa na fronteira entre o Brasil e o Uruguai, sendo elas a Ilha Brasileira e o Rincão de Artigas (interflúvio entre o Rio Quaraí e o Arroio Invernada). As duas áreas são administradas pelo Brasil, mas reclamadas há décadas pelo Uruguai.[1] Essas disputas territoriais são marcas da fronteira Brasil-Uruguai e, apesar de históricas, não geraram disputas internacionais entre os países, que jamais submeteram a questão a litígio internacional.
Santana do Livramento - ligada a Rivera (Uruguai) também separada apenas por uma via comum, a Av. 33 Orientales, no lado uruguaio, e Av. João Pessoa, no lado brasileiro, como se fosse uma só avenida, e também pela comum Av. Paul Harris, que tem esse nome nos dois lados, na chamada "Fronteira da Paz" ou "La Mas Hermana de Todas Las Fronteras del Mundo".
Chuí, separada da irmã uruguaia Chuy apenas por uma avenida comum a ambas cidades. Essa avenida tem o nome de Av. Brasil no lado uruguaio e Av. Uruguai no lado brasileiro;