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Filipe Albuquerque, com apenas 7 anos (em 1993) iniciou-se na modalidade de karting. Dois anos depois, em 1995, alcançou o 3º lugar na sua primeira corrida no Troféu de Leiria. Em 1996 iniciou-se no campeonato nacional na condição de cadete, tendo o seu pai como mecânico. Em 1998 integrou a equipa Norma Team, nesse ano foi Vice-Campeão e venceu a Taça de Portugal.
Em 1999, Filipe conhece os irmãos Nuno e Pedro Couceiro que estavam a criar a sua equipa de Karts, CJT, e decidem passar para a categoria Junior. Este passo veio a ser um marco na carreira do piloto que ele nunca mais esqueceu até hoje.
Em 2002, os irmãos Couceiro aconselharam ao piloto que o melhor para a sua carreira seria medir forças com os melhores do mundo e competir em Itália, capital do Karting. Era um ano de expectativa, porque não se sabia se Filipe estaria à altura ou não. Nesse ano competiu pela CJT na Categoria Intercontinental A, com a sempre parceria de Danilo Rossi (campeão do mundo por 5 vezes). Ficou em 2.º Lugar no Open Italiano e foi vice-campeão europeu, tendo atraído o interesse dos principais construtores.
2003 – 2004: ano em que se tornou profissional
Com 17 anos, Filipe torna-se piloto oficial da CRG e vai viver para Itália.
2003 foi dos anos mais difíceis da sua vida, foi viver para fora de casa pela primeira vez e para outro país onde ainda não dominava a língua. Teve como mentor Danilo Rossi. Danilo sabia o potencial de Filipe e transmitia-o sempre com grande rigidez e determinação. Nesse ano, a marca de pneus que representava, Dunlop, não era a mais competitiva e por isso os resultados não apareciam. No entanto foi um ano onde deu para ganhar muita experiência. Foi só na ultima corrida do ano, no Campeonato do Mundo, que fez um bom resultado sendo o único piloto na final mundial com pneus Dunlop. Filipe atingiu assim o Top10 nesse ano.
Em 2004 representou as cores da CRG mas sem resultados de relevo.
2005-2007: Piloto Red Bull Junior
Surge um novo capítulo na carreira do piloto saindo do karting, onde tinha dedicado 11 anos da sua vida, e passou os formulas tornando-se Piloto da Red Bull Junior Team. O plano era competir na Formula 3 Espanhola (Racing Engineering) mas ao fim de 1 corrida foi substituir um piloto na Equipa Motopark na Fórmula Renault 2.0 Europeia. A sua estreia foi em Zolder, Bélgica. Filipe não conhecia o carro, não conhecia a equipa nem a pista. Nessa corrida foi o melhor piloto da equipa acabando em 12.º lugar. A partir desse fim de semana passou a fazer a Fórmula Renault 2.0 Alemã e a Fórmula Renault 2.0 Europeia, para além da Formula 3 Espanhola.
Foi o melhor rookie em todas as categorias, conseguindo alcançar o 3.º lugar na Fórmula Renault 2.0 Alemã, (mesmo tendo faltado à primeira corrida), 5.º na Fórmula Renault 2.0 Europeia e 6.º na Formula 3 Espanhola.
No ano de 2006, alcançou os títulos nos campeonatos de Fórmula Renault 2.0 Norte Europeia e a Renault Eurocup, tendo sido adicionalmente considerado piloto do ano da Red Bull Junior Team.
Em 2007 sobe de categoria para a World Series by Renault 3.5. Além de ter ganho uma corrida e alguns pódios, termina em 4.º lugar e volta a ser o melhor estreante. Nesse ano, Filipe conduz pela primeira vez um Formula 1 aos comandos da Equipa Red Bull Racing. Fez vários testes de evolução do carro para a Red Bull Racing e Toro Rosso. Fez também exibições de rua na Venezuela, Colombia e Estónia.
2008-2010: Tempos de A1GP
Já não sendo piloto da Red Bull Junior team, Filipe integra a A1GP defendendo as cores de Portugal. Fez as 3 últimas provas do ano subindo ao pódio em Durban (África do Sul) logo na sua estreia. No fim de 2008 faz a época completa do A1GP 08/09 e termina em 3.º levando a luta pelo campeonato até à ultima prova.
No seu ano como piloto estreante nos GT, enquanto representante da Audi Sport Italia, alcança o 2º lugar.
Filipe Albuquerque venceu a Corrida dos Campeões de 2010, em Dusseldorf, na frente de Sebastian Vettel e Sébastien Loeb, campeões em título da Fórmula 1 e do Mundial de Ralis, respectivamente.
2011 – 2013: Piloto Audi Sport em DTM
Este foi outro grande marco da sua carreira, tornando-se piloto Oficial da Audi Sport. Fez 3 épocas no DTM com a equipa Rosberg. Competiu em paralelo em 2011 no Blancpain Series terminando em 3.º lugar da geral.
Participa, em 2013, na sua primeira prova das 24h de Daytona com a Audi na classe GTD, sendo ele a qualificar e arrancar e fazendo as últimas 3 horas da corrida acabando a 1.2s de um dos seus colegas de equipa da Audi, René Rast, alcançando a vitória.
2014 – 2016: Piloto Audi Sport em Resistência
Em 2014 sai do DTM e das corridas de sprint e dedica-se às corridas de resistência correndo pela primeira vez nas 24 Horas de Le Mans com a prestigiosa Audi Sport Joest.
Apesar de se ter preparado bem para essa prova, Filipe teve um azar demasiado grande já que o seu carro foi abalroado ao fim de duas horas de corrida não dando a hipótese de sequer ter dado uma volta em corrida. Nesse ano compete pela primeira vez na European Le Mans Series e termina em 2.º lugar.
Em 2015, volta a competir nas 24h de Le Mans com a Audi. No seu primeiro turno de condução, das míticas 24h de Le Mans, Filipe bate o record de então da pista com o tempo 3min17,6s. Nessa corrida quando estavam em 2.º lugar a menos de um minuto do líder, a 5 horas do fim tem um problema elétrico que o faz perder muito tempo atirando a equipa para o 7.º lugar sem hipótese de recuperação. Nesse ano, voltou a repetir a ELMS, mas na última corrida quando liderava o campeonato e a corrida no Estoril, começa a chover e o seu colega de equipa não evita um pião e fica preso na gravilha. Perdem demasiado tempo e acabam em 4.º lugar terminando o campeonato em 3.º lugar.
Em 2016, acontece o Escândalo Mundial do DieselGate e a Audi retira o 3.º carro das 24h de Le Mans.
Filipe continua como piloto Audi Sport fazendo o Campeonato Italiano de GT3 e o Campeonato de Resistência Blancpain. Nesse mesmo ano, querendo manter-se nos protótipos, integra pela primeira vez a equipa Action Express fazendo o North America Endurance Championship e também o Campeonato do Mundo de Resistência (WEC).
Este ano torna-se o ano mais ocupado de sempre na carreira do piloto de Coimbra que se torna pai a 4 de Janeiro, da sua filha Carolina.
Devido à participação em vários campeonatos e ao facto de existirem datas que coincidiam, Filipe, não conseguiu ir a todas as corridas desse ano. O seu carro termina em 2.º Lugar no Campeonato Italiano de GT3 e termina em 2.º Lugar do Campeonato do Mundo em LMP2.
2017 – 2019: Entre a América e a Europa
Já não sendo piloto oficial da Audi Sport, volta a competir e vence o Campeonato de Norte Americano de Resistência, terminando as 24h de Daytona num 2.º lugar bastante controverso, perdendo a liderança a 5 minutos do final. 2.º lugar nas 12h de Sebring e vence as 6h de Watkins Glen.
Na Europa assinando com a United AutoSports, termina em 2.º lugar no ELMS e faz a corrida perfeita nas 24h de Le Mans em LMP2. Infelizmente, nesse ano a competitividade do seu carro Ligier não era suficiente para os Oreca, ainda assim foi o seu melhor resultado final em Le Mans terminando em 4.º da classe LMP2 e 5.º da geral.
Em 2018 assina com a Action Express Racing e faz pela primeira vez a sua primeira época completa no Campeonato Norte Americano de Sportcars da IMSA. Vence as 24h de Daytona, aquela que lhe tinha escapado no ano anterior, mas no campeonato as coisas ficaram difíceis quando o seu colega de equipa João Barbosa é abalroado no arranque da corrida de Laguna Seca não conseguindo somar qualquer ponto. Nessa altura estavam a 2 pontos dos lideres do campeonato em 2.º lugar e caíram para 7.º na classificação sem hipótese matemática de ganharem o campeonato. Foram para a última corrida sem nada a perder.
As 10h de Road Atlanta foi mais uma corrida inglória já que quando Filipe estava a liderar, na última volta e última curva, fica sem gasolina passando a meta com o carro desligado em 4.º.
Em 2019 volta a disputar o Campeonato Norte Americano de Resistência com a Action Express Racing. Nas competições FIA regressa ao European Le Mans Series e ao FIA World Endurance Championship com a United Autosports.