Depois desse período, foi vendido para o Arsenal em janeiro de 2001, por 9 milhões de euros. Lá teve problemas com sua documentação referente a aquisição da cidadania portuguesa, por linha familiar. Em cinco temporadas no clube inglês, conquistou o Premier League (sendo o primeiro brasileiro a conquistar o Campeonato Inglês) de 2001–02 e 2003-04, a Copa da Inglaterra de 2001–02, 2002–03 e 2004–05 e a Supercopa da Inglaterra de 2003 e 2004.
Valencia
Edu em 2006
Após o final do seu contrato com o Arsenal, decidiu por não renovar, descartando propostas de Real Madrid e Barcelona e acertando com o Valencia em julho de 2005. No entanto, sofreu uma série de contusões no clube espanhol, fato que o atrapalhou na missão de se firmar como titular na equipe. Assim, ao final da temporada 2008–09, já planejava um retorno ao Timão.[3][4]
Retorno ao Corinthians
Foi dispensado pelo Valencia em 6 de julho de 2009, e logo acertou sua volta ao Parque São Jorge. Se apresentou como reforço um dia depois, no dia 7 de julho, sendo a primeira contratação da equipe após o título da Copa do Brasil.[5] Edu atuou em 11 partidas no Campeonato Brasileiro daquele ano.
Em março de 2011, decidiu encerrar sua carreira de jogador e foi anunciado como novo gerente de futebol do clube onde iniciou sua trajetória profissional.[6]
Porém, acabou atrapalhado por suas diversas lesões, como o grave rompimento dos ligamentos do joelho às vésperas da Copa do Mundo FIFA de 2006, acabando assim, com o seu sonho de disputar o torneio. Edu tinha fortes esperanças em ir à Copa, já que era constantemente convocado pelo técnico Carlos Alberto Parreira para a disputa das Eliminatórias. Conseguiu retornar aos gramados semanas antes do Mundial, tendo tempo insuficiente para voltar ao ápice de sua forma e, consequentemente, ir à Copa.
Após a saída de Parreira, não voltou a figurar nas listas de convocações da Seleção.
Em fevereiro de 2013, como gerente de futebol corintiano, falou emocionado sobre a morte de um jovem torcedor na estreia do clube na Libertadores, diante do San José, da Bolívia. Para o ex-atleta, a tragédia o fez lembrar de seu filho, Luigi Gaspar, que sempre ia ao Pacaembu acompanhado do pai e se sentava ao lado da torcida rival, e de sua irmã, falecida em dezembro de 2000 num acidente automobilístico.[10]
Seleção Brasileira
Em 2016, por indicação do então treinador da Seleção, Tite, foi contratado pela CBF para ser o coordenador técnico de Seleções da instituição.[11]
