Foi criada em 21 de maio de 1960 pela bulaQuandoquidem novae - «Visto que a constituição de uma nova Igreja sempre conduz à esperança…» - do Papa João XXIII.
Sua instalação se deu no dia 06 de novembro de 1960, às 9h, na Catedral Basílica de Nossa Senhora do Pilar, perante o Exmo. e Revmo. Sr. Dom Oscar de Oliveira, Arcebispo de Mariana, delegado do Exmo. Revmo. Sr. Dom Armando Lombardi, Núncio Apostólico no Brasil. Por decreto do mesmo Sr. Núncio Apostólico, datado de 19 de outubro de 1960, e por ordem do Exmo. e Revmo. Sr. Arcebispo, foi lida em latim e português a bula Quandoquidem novae.
Foi constituída pelo desmembramento de paróquias que pertenciam a três circunscrições eclesiásticas vizinhas:
Foi sufragânea da Arquidiocese de Mariana por quase dois anos, desde sua criação, em 21 de maio de 1960, até 1962. Em 14 de abril desse ano, a (então) Diocese de Juiz de Fora foi elevada a arquidiocese e se tornou a metrópole da província a que a diocese de São João del-Rei se submeteria.
A Diocese de São João del-Rei passou a ser dividida em 6 foranias desde de 1 de julho de 2016.[3] São elas: Forania Nossa Senhora do Porto da Eterna Salvação (Andrelândia), Forania de Sant'Ana (Lavras), Forania Nossa Senhora da Conceição (Prados), Forania Nossa Senhora do Pilar (São João del-Rei)[4], Forania Nossa Senhora de Nazaré (Nazareno)[5] e Forania do Senhor Bom Jesus de Matosinhos (São João del-Rei).
O Seminário Diocesano está edificado na base sólida de um propósito que segue o lema Christum ferent ("Levarão Cristo"). Este lema, que está gravado no brasão do Seminário e no coração de todos os padres e seminaristas da Diocese de São João del Rei, deve mostrar, a todo instante, aos que vivem à sombra do Seminário São Tiago, que ali encontrarão a paz e a pureza vivendo debaixo da proteção maternal de Nossa Senhora do Pilar, Rainha dos Apóstolos, e onde se formarão, no zelo do Apóstolo São Tiago, como futuros e verdadeiros portadores de Cristo.[8]