A Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2003 foi a 34ª edição da competição. A famosa "copinha" é a maior competição de juniores do Brasil, e é disputada por clubes de todo o país. Ministrada em conjunto pela Federação Paulista de Futebol e a Secretaria Municipal de Esportes, foi disputada entre os dias 5 e 25 de Janeiro. O campeão nesta oportunidade, foi o Santo André, que conquistou a Copa SP pela 1ª vez, contra o Palmeiras, no Estádio do Pacaembu, após vencer a final na disputa de pênaltis, após empate por 2 a 2 no tempo normal.[1] O time do Palmeiras vencia o jogo por 2 a 0, até que o Santo André fez sua última substituição aos 39 do Segundo Tempo, entrava Alisson Gutierrez para mudar essa história, aos 40 Alisson fez um golaço de falta colocando o Santo André novamente na competição, aos 45 dinovo ele, fazendo um golaço de cobertura pra calar a torcida alviverde e levando as decisões para os pênaltis. Na última cobrança Vagner Love chutou para fora, enquanto Gutierrez fez o gol tornando assim o Santo André Campeão Da Copa São Paulo de Futebol Junior 2003.
A Competição foi disputada em 5 fases: primeira fase, oitavas-de-final, quartas-de-final, semifinal e final. Participaram da primeira fase um total de 64 clubes, divididos em 16 grupos, portanto de A a P.
Na primeira fase, os clubes jogaram entre si, dentro do grupo em turno único, classificando-se para as oitavas-de-final, os clubes que obtiveram o maior número de pontos ganhos nos respectivos grupos.
Ao término da primeira fase, em eventual igualdade de pontos ganhos entre dois ou mais clubes, aplicou-se, sucessivamente, os seguintes critérios:
Principais artilheiros:
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