A Copa São Paulo de Futebol Júnior de 1989, foi a 20ª edição da "copinha". Organizada em conjunto, pela FPF e a Secretaria Municipal de Esportes (SEME), a Copa SP aconteceu entre os dias 7 e 18 de Janeiro. Nesta edição, o Fluminense, conquistou o pentacampeonato, no Estádio do Pacaembu, vencendo o Juventus, pelo placar de 1 a 0.
A Competição será disputada em 4 fases: primeira fase, quartas-de-final, semifinal e final. Participaram da primeira fase um total de 16 clubes, divididos em 4 grupos, portanto de A a D.
Na primeira fase os clubes jogaram entre si, dentro do grupo em turno único, classificando-se para as quartas-de-final, os dois melhores clubes que obtiveram o maior número de pontos ganhos nos respectivos grupos.
Ao término da primeira fase, em eventual igualdade de pontos ganhos entre dois ou mais clubes, aplicou-se, sucessivamente, os seguintes critérios:
Nesta edição, surgiram algumas mudanças quanto ao sistema de pontuação:
Estas são as 16 equipes que participaram desta edição:
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