Já no início da guerra Werner von Braun propôs a criação de um caça-fogueteinterceptador. Os militares rejeitaram sua proposta na época. Somente em 1944 com os intensos e constantes bombardeiosaliados é que esta ideia foi novamente considerada. O Dr. Erich Bachem, engenheiro da fábrica de aviões Fieseler, há anos insistia inutilmente na realização deste projeto.
Quando empresa Heinkel ganhou a concorrência para a fabricação do jato Heinkel He 162 para a defesa de locais estratégicos, o Dr. Bachem procurou a ajuda de Heinrich Himmler chefe da SS e conseguiu seu apoio. Com verbas da SS o projeto foi realizado. Era de construção simples, rápida, utilizava materiais baratos (por exemplo suas asas eram feitas de madeira) e podia ser construído por operários não especializados. Empregava o mesmo motor do Messerschmitt Me 163 e mais 4 foguetes de combustível sólido que proporcionavam impulso extra. Seria equipado com dois canhões de 30mm ou foguetes (de 24 a 33) instalados em seu bico.
Visto em três ângulos e instalado em sua torre de lançamento.
Sua operação de decolagem era original: seria lançado de uma torre vertical como um foguete. Os controles permaneciam travados até que os foguetes de combustível sólido queimassem completamente. Depois de sua queima total eram descartados e o avião passaria a ser controlado remotamente pela torre. Neste momento os controles já encontravam-se destravados de modo que o piloto pudesse controla-lo se necessário. Ele então mergulhava sobre as formações compactas de bombardeios aliados e lançava de uma só vez todos os seus foguetes de modo a causar-lhes os maiores danos possíveis. Depois do ataque o piloto acionava um dispositivo explosivo liberando a parte frontal da aeronave e saltava de pára-quedas. O motor pousava com auxílio de outro pára-quedas e era recuperado para ser usado novamente em outro avião.
Em seu primeiro teste (setembro de 1944), rebocado por um Heinkel He 111 comportou-se como esperado seu piloto achou fácil controla-lo e o teste foi bem sucedido. O primeiro lançamento a partir do solo falhou. Outros lançamentos não-tripulados e apenas com combustível sólido foram feitos com sucesso.
Em 28 de fevereiro de 1945, naquele que seria seu primeiro voo tripulado ele despedaçou-se no ar e na queda matou seu piloto Lothar Siebert. Mesmo assim outros pilotos se ofereceram para pilota-lo, as deficiências do projeto foram corrigidas e por fim uma bateria de 10 Natters foi instalada próximo a Stuttgart.
Os pilotos permaneceram dias de prontidão. Mas os bombardeiros aliados não voaram dentro de sua área de ação de modo que o Natter não teve a oportunidade de ser usado.
Em fins de abril de 1945 os aliados ocuparam a região. Para evitar que a arma caísse nas mãos do inimigo os alemães destruíram todos estes Bachem Ba 349 Natter e suas instalações de lançamento. Existem dúvidas sobre a funcionalidade desta arma até hoje.
