Nasceu no dia 13 de junho de 1585, em Lima, no Peru. Sua mãe faleceu quando tinha apenas 5 anos de idade. Quando tinha 8 anos seu pai faleceu e foi entregue por seus tutores para o educandário jesuíta Real Colegio de San Martín, em Lima.
Mapa do estado atual do Paraná mostrando a região do Guayrá em marrom. Missões jesuítas estão marcadas com cruzes e assentamentos espanhóis com triângulos.
O início de sua atuação como missionário entre os guaranis, ocorreu no contexto no qual foram promulgadas as Ordenanzas de Alfaro, em 11 de outubro de 1611, que tinham como objetivo evitar abusos praticados por "encomenderos" contra os nativos[2].
A partir de 1622, quando se tornou superior dos jesuítas daquela região, fundou 11 novas reduções[3].
Em 1629, liderou a fuga de 12.000 guaranis da província do Guayrá até a província de Misiones, dos ataques dos bandeirantes que pretendiam escravizá-los, na importante Batalha de M'Bororé, que impediu o avanço dos bandeirantes paulistas para as missões na região do Paraguai e da Argentina.
Em 1636, lhe foram designadas 26 reduções na região dos rios Paraná e Uruguai. Nesse período, teve que armar os índios guaranis para repelir os ataques dos bandeirantes. Em 1637, foi encarregado de se queixar ao rei da Espanha, Filipe IV, sobre os bandeirantes paulistas que atacavam as missões jesuítas em busca de índios para serem vendidos como escravos. Diz Vivaldo Coaracy, em sua obra "O Rio de Janeiro no século dezessete", na página 97, que os jesuítas do Paraguai, provavelmente com conhecimento e aquiescência dos do Brasil, resolveram enviar, a Roma e a Madri, duas delegações para conseguir, do papa e do rei, medidas que assegurassem seus objetivos. O padre Francisco Dias Taño foi enviado a Madri e Montoya iria a Roma, ambos como procuradores dos índios. Em novembro de 1638, Montoya chegou ao Rio de Janeiro a caminho da Europa, onde se queixaria das incursões dos bandeirantes e solicitaria o fornecimento de armas de fogo para que os habitantes das reduções pudessem se defender[2].
Permaneceu na cidade até abril de 1638. Em Madri, publicou várias obras, como o dicionário Tesoro de lengua guarany, a crônicaConquista espiritual hecha por los religiosos de la Compañía de Jesús en las provincias del Paraguay, Paraná, Uruguay y Tape e um catecismo em língua guarani.
Em 1643, partiu do porto de Cádis rumo ao Peru. Tentou retornar para atuar nas reduções no Paraguai, mas problemas de saúde o obrigaram a retornar à Lima. Aproximadamente em 1648, publicou o tratadomísticoSilex del divino Amor y rato del ánimo en el conocimiento de la causa primera, atendendo a um pedido de seu amigo Francisco del Castillo de um método para orar.
No final de 1651, sete meses antes de sua morte, concluiu: "Apología en defensa de la doctrina cristiana escrita en lengua guaraní"[2]. Faleceu em 11 de abril de 1652. Seu amigo e discípulo Francisco del Castillo lhe deu a extrema-unção. Segundo alguns, seus restos mortais teriam sido transladados à província de Misiones; segundo outros, teriam sido depositados na Basílica Menor e Convento de São Pedro, em Lima.
↑WorldCatConquista espiritual hecha por los religiosos de la compañía de Jesus, en las Provincias del Paraguay, Paraná, Vruguay y Tape
↑Biblioteca Digital Curt NimuendajúConquista espiritual hecha por los religiosos de la compañía de Jesus, en las Provincias del Paraguay, Paraná, Vruguay y Tape, descarga em PDF (em castelhano)
