O Amparo Athlético Club foi fundado em 28 de abril de 1919, e como a imensa maioria das equipes fundadas antes de 1940, passou as primeiras décadas de vida disputando campeonatos amadores e regionais. Na época amadora, os principais rivais do Leão da Montanha eram o Floresta de Amparo e o Bragantino, sempre eram grandes jogos com grande quantidade de público, além da enorme rivalidade que era na época.[3]
Seu nome conserva a grafia original, onde o "Athlético" é escrito com "H" - o que por si só, chama a atenção nos dias de hoje, demonstrando o carinho e o cuidado do athléticano não conseguiu acompanhar seus pares - tal como Paulista de Jundiaí, Guarani, Ponte Preta e Bragantino por exemplo, mas existem registros de épicos confronto contra os chamados "grandes" - principalmente uma vitória sobre o São Paulo, na Capital Paulista.
O rival local histórico do time era o Floresta de Amparo, fundado um ano depois, em 1920, e a rivalidade até ajudou a manter a competitividade dos times. Em 1929, o Floresta sagrou-se campeão do Interior pela APEA. O resultado? O título do ano seguinte manteve-se em Amparo, mas desta vez foi para as mãos do Athlético , numa incrível final, disputada contra o Paulista de Jundiaí, num jogo que terminou 6 a 2.
Para comemorar o título, o Athlético convidou o Bragantino, outro forte rival local para uma partida amistosa em 1931 e goleou por 4 a 1.
O Leão da Montanha sagrou-se bicampeão do Interior (em 1930 e 1952), além de outros títulos nas divisões de base nos campeonatos estaduais - colecionando acessos e descensos com o passar dos anos.
Em 1984, o Athlético resolveu se afastar do futebol profissional, para a tristeza de sua torcida e da população de Amparo. Após isso, o Athlético teve aparições rápidas no profissional na Série A-3 de 92 e 93, Série B-2 de 1998 e 2000, Série B-3 de 2001 e Série B-1 (Atual Segunda Divisão) em 2006 e 2010.
Em 2022,o clube disputou a "Bezinha" equivalente a quarta divisão paulista.
