Uczelnia została założona w 1595 przez hiszpańskich jezuitów Sedeño Antonio i Antonio Pedro Chirino Pereira. W 1606 przemianowano ją na Colegio de San Ildefonso. Została zamknięta w 1769, gdy jezuitów wygnano z Filipin. Ponownie otwarto ją w 1783, z inicjatywy biskupa Mateo Joaquin de Arevalo. Nosiła wtedy nazwę Colegio Seminario de San Carlos. W 1852 kierowanie instytucją powierzono kolegium dominikanów, w 1867 misjonarzom Wincentego à Paulo, a w 1935 werbistom[2].
II wojna światowa spowodowała przerwanie nauczania w 1941. Kilka budynków uległo zniszczeniu. W latach 1945 i 1946 wznowiono naukę akademicką. W 1948 kolegium uzyskało status uniwersytetu i obecną nazwę.
Wydziały
Wydział Prawa (College of Law)
Wydział Sztuk i Nauk
Wydział Pielęgniarstwa (College of Nursing)
Wydział Biznesu (College of Commerce)
Wydział Edukacji (College of Education)
Wydział Inżynierii (College of Engineering)
Wydział Farmacji (College of Pharmacy)
Wydział Architektury i Sztuk Pięknych (College of Architecture and Fine Arts)
różne szkoły nauczania podstawowego („pierwotne”, podstawowe i średnie)[3].
Kampusy i budynki uniwersyteckie
Na głównym kampusie uniwersytetu znajdują się następujące budynki: