23 marca 1939 powołany do wojska jako porucznik rezerwy w DOK nr III w Grodnie, od sierpnia 1939 – rotmistrz. Kampanię wrześniową odbył na froncie Osowiec–Wizna. Po wkroczeniu Armii Czerwonej w Kownie, gdzie pozostał jako oficer dyspozycyjny wywiadu wojskowego na kraje bałtyckie. Współorganizował siatkę wywiadu pod kryptonimem „Wierzba”. Od grudnia 1939 należał do Związku Walki Zbrojnej. Aresztowany przez policję litewską trafił do obozu koncentracyjnego w Drymitriawie, skąd zwolniono go przed aneksją Litwy przez Związek Socjalistycznych Republik Radzieckich. W lipcu 1941 przedostał się do Warszawy gdzie powołano go przez Komendę Główną ZWZ-AK na szefa Ośrodka II północno–wschodniego wywiadu ofensywnego. Od sierpnia 1942 był szefem oddziału dyspozycyjnego KG AK w Kedywie, pod kryptonimem „Sęk–Motor”. Od lipca 1943 został szefem STARTU – III (zaopatrzenie oddziałów AK w Okręgu „Nów” i 19 Dywizji AK w Nowogródzkiem). 3 września 1943 awansował do stopnia majora. W okresie Akcji „Burza” był szefem sztabu 30 Poleskiej Dywizji Piechoty AK. Internowany przez Armię Czerwoną 18 sierpnia 1944 został wywieziony do Riazania. W lutym 1946 powrócił do Polski.
W 1951 aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa, więziony m.in. przez trzy lata śledztwa w areszcie przy ul. Rakowieckiej w Warszawie.
Życie prywatne
18 sierpnia 1931 r. poślubił Alinę zd. Kaszuba (1908-2006), mieli 3 córki: Teresę, Małgorzatę i Monikę oraz syna Tomasza, który zmarł zaraz po urodzeniu[1].
↑Wojciech Wiśniewski: Ostatni z rodu. Rozmowy z Tomaszem Zanem. Paryż: Editions Spotkania, 1989. ISBN 2-86914-048-7. Brak numerów stron w książce
↑Wojciech Wiśniewski: Pani na Berżenikach. Rozmowy z Heleną z Zanów Stankiewiczową. Londyn: Polska Fundacja Kulturalna, 1991. ISBN 0-85065-222-7. Brak numerów stron w książce
↑Wojciech Wiśniewski: Pani na Berżenikach. Rozmowy z Heleną z Zanów Stankiewiczową, Wyd. 2. Łomianki: Wydawnictwo LTW, 2003. ISBN 83-88736-30-2. Brak numerów stron w książce
Bogusław Polak (red.): Kawalerowie Virtuti Militari 1792–1945. Konspiracja 1939–1945. T. V/1. Koszalin: Wydawnictwo Uczelniane Politechniki Koszalińskiej, 1999. ISBN 83-87424-98-6.