Uznaje się, że to Eimer spopularyzował określenie "ortogeneza", aby opisać istniejącą jego zdaniem wewnętrzną siłę, która powoduje, że wszelkie formy życia dążą do perfekcji.
W roku 1871 Eimer opisał występujący u kretów niezwykle czuły organ dotyku. Na jego cześć wypustki pokrywające nos kretów nazwano organem Eimera. Najbardziej jest on rozwinięty u gwiazdonosów, gatunku kretów żyjącego w Ameryce Płn. Na cześć Eimera nazwano też rządpasożytniczychpierwotniakówEimeria, które są utrapieniem hodowców drobiu.