Kościoły prezbiteriańskie swoją genezę wywodzą z reformacji szwajcarskiej. Tam struktura kościelna składająca się z pastorów, doktorów, konsystorza czy diakonów została wprowadzona w życie przez Jana Kalwina najpierw w Genewie, a później przyjęta przez pozostałe wspólnoty reformowane w Europie[2]. Na Wyspach Brytyjskich idee struktury prezbiteriańskiej zaczęły rozprzestrzeniać się za panowania Edwarda VI, a jedną z pierwszych struktur wprost wdrażających te rozwiązania stał się zorganizowany przez polskiego reformatora Jana Łaskiego Kościół cudzoziemski, zrzeszający zamieszkujących Londyn emigrantów religijnych z kontynentu[3][4].
Głównym propagatorem prezbiterianizmu był Szkot, John Knox, który studiował wraz z Janem Kalwinem w Genewie. Za początek prezbiterianizmu przyjmuje się ogłoszenie tzw. Księgi Dyscypliny w 1560 na powszechnym zgromadzeniu Kościoła Szkockiego.
Ogłoszona w niej doktryna:
znosiła urząd biskupi oraz tworzyła urząd ministra (pastora) i prezbitera, czyli starszego
Prezbiterianizm w Ameryce został przeszczepiony ze Szkocji i Irlandii. Pierwszy amerykański zbór prezbiteriański został zorganizowany w Filadelfii w 1706. Pierwsze Walne Zgromadzenie Prezbiteriańskiego Kościoła w Stanach Zjednoczonych Ameryki, odbyło się w tym mieście w 1789. Zgromadzenie zostało zwołane przez pastora Johna Witherspoona.
