Komenda Okręgu Wileńskiego, wysoko ceniąc patriotyzm kowieńskich Polaków, widziała we współpracy z nią liczne korzyści dla działalności konspiracyjnej ZWZ. Zdecydowała nadać współpracy formę bardziej zorganizowaną i skoordynowaną. Podokręg utworzono w sierpniu 1940 roku w miejsce funkcji delegata ZWZ na Kowno[a]. Przekształcony w Inspektorat EOkręgu AK Wilno.
Działania konspiracyjne
Działalność konspiracyjna skupiała się przede wszystkim na:
utrzymaniu systemu łączności między Kownem a Wilnem
organizowaniu przerzutów kurierów między Wilnem a Warszawą przez Prusy Wschodnie i Suwałki
utrzymywaniu systemu obserwacji transportów kolejowych przebiegających przez teren Litwy
udzielaniu wszechstronnej pomocy polskim wojskowym – uciekinierom z obozów internowania
kolportowaniu polskiej prasy podziemnej
szkoleniu wojskowym i dywersyjnym członków konspiracji.
Na skutek aresztowań wiosną 1941, działalność konspiracyjna uległa znacznemu ograniczeniu.
Podział organizacyjny i obsada personalna
Dowództwo (w marcu 1941)
Komendant – ppor. Zbigniew Jentys ps. „Habdank"
Zastępca komendanta ds. wojskowych – rtm. Wincenty Chrząszczewski ps. „Kruk”
Zastępca komendanta ds. politycznych – dr Stanisław May ps. „Dziadzio”
Szef oddziału organizacyjnego – Tadeusz Kognowicki ps. „Złoty”
Szef łączności zewnętrznej – Stanisław Mikulicz (z Kowna), Eryk Budzyński ps. „Brankard” (z Bydgoszczy),
Kwatermistrz – Józef Majewski ps. "Literat"
Szef oddziału propagandy i prasy – Zygmunt Ugiański ps. "Redaktor"
Komendant wojskowy garnizonu Kowno – por. KOP Kazimierz Wędzicha ps. „Grzegorz”, „Jakub”.
Obwody
Obwód Kowno – Mieczysław Turkiewicz ps. „Szofer”[1]
Obwód Kiejdany – chor. Franciszek Madoński ps. „Pochmurny,”
