Jest wychowankiem klubu San Lorenzo de Almagro. Od 2005 roku występował w Espanyolu Barcelona. do którego trafił za 3 miliony euro. W styczniu 2007 uległ kontuzji, która wykluczyła go z gry na 3 miesiące.
W 2008 roku został powołany do reprezentacji U-23, prowadzonej przez Sergio Batistę na Igrzyska Olimpijskie w Pekinie, gdzie Argentyna zdobyła złoty medal. W tym samym roku podpisał pięcioletni kontrakt z Manchesterem City po tym, jak odrzucił ofertę Juventusu. Suma transferu wyniosła 6,45 mln funtów[2].
W sezonie 2012/13 Zabaleta został wybrany najlepszym piłkarzem roku Manchesteru City[3].