Fundatorami klasztoru Cysterek byli cystersi oliwscy. Fundacja nastąpiła zapewne w 1235 co może potwierdzić bulla protekcyjna papieża Innocentego IV, biorąca oliwskie opactwo wraz z dobrami, w tym jezioro obok siedziby cysterek, pod opiekę papiestwa. W 1589 żarnowiecki klasztor cysterek został skasowany, ich budynki i dobra zostały przejęte przez benedyktynki. Trzy ostatnie zakonnice odeszły z klasztoru. W 1772 władze pruskie sekularyzowały zakonne dobra. W 1834 klasztor został skasowany. Od 1946 jest ponownie siedzibą benedyktynek.
Stan obecny
Do dnia dzisiejszego zachowały się dawne budynki klasztorne przylegające od strony północnej do kościoła. Na dziedzińcu zachowały się, udostępnione częściowo dla turystów, gotyckie krużganki. Zachowały się też: dom kapelana z 1404 roku, przebudowany w 1635 roku (obecnie plebania), spichrz oraz elementy muru klasztornego. Skarbiec klasztorny (niedostępny dla turystów) zawiera zabytki piśmiennicze, m.in. rękopisy z XV wieku, pastorały i bogato zdobiony graduał; szaty i hafty liturgiczne, rzeźby sakralne oraz dawne sprzęty. Kościół wybudowany w 4. ćwierci XIII wieku; powiększony po 1389 roku z inicjatywy cystersów z Oliwy.