W 80% właścicielem nowojorskiego klubu jest Chaldun al-Mubarak, prezes Manchesteru City, a także właściciel City Football Group, zaś pozostałe 20% należy do przedsiębiorstwa Yankee Global Enterprises.
Klub został założony z inicjatywy komisarza MLS Dona Grabera.
Swój pierwszy mecz w MLS New York City rozegrało 8 marca 2015 roku przeciwko Orlando City[2]. Spotkanie zakończyło się remisem 1:1, a pierwszą bramkę dla nowojorskiej drużyny zdobył Mix Diskerud.