Według Państwowego Rejestru Muzeów podmiotami tworzącymi Muzeum były (2019 r.) prywatna Fundacja „Arteks” oraz Konferencja Episkopatu Polski. Oficjalna strona internetowa nie podawała, kto jest właścicielem kolekcji (obrazów) i budynku, ani formy własności.
Nazwa „Muzeum Kolekcji im. Jana Pawła II” jest myląca, bowiem podmioty tworzące Muzeum oraz właściciel kolekcji nie spełniają warunków formalnych określonych dla placówek muzealnych w przepisach ustawy z 21 listopada 1996 r. o muzeach: nie podają informacji o miejscu przechowywania obrazów, nie zezwalają na katalogowanie i badania naukowe zbiorów, nie wiadomo też, jakie obrazy lub inne dzieła wchodzą aktualnie w skład kolekcji.
Porczyńscy gromadzili obrazy od roku 1981. W Warszawie ich zbiory zostały pokazane po raz pierwszy w Muzeum Archidiecezji Warszawskiej 5 listopada 1987. Pod koniec 1989 władze miasta przekazały na stałą siedzibę Kolekcji gmach Giełdy i Banku Polskiego przy placu Bankowym 1, zajmowany w czasach PRL przez Muzeum Ruchu Rewolucyjnego.
Po udostępnieniu publiczności tzw. Kolekcja Porczyńskich początkowo wzbudziła zachwyt ze względu na nazwiska najsławniejszych malarzy europejskich. Z upływem czasu pojawiły się wątpliwości historyków sztuki co do autentyczności tych dzieł, przede wszystkim doktora Mieczysława Morki z Instytutu Sztuki PAN[5], a także prof. Marii Rzepińskiej i kolekcjonera Wojciecha Fibaka[3].
Właściciel kolekcji Zygmunt Carroll-Porczyński, obawiając się demistyfikacji, nie zezwolił na specjalistyczne badania autentyczności obrazów[3][10][11]. Takie badania nie zostały również przeprowadzone po śmierci Zbigniewa i Janiny Porczyńskich.
Kontrowersje budził także statut prawny fundacji, która była wówczas właścicielem obrazów, jak i kwestie majątkowe, w tym m.in. przejęcie prawa własności do zabytkowego budynku, w którym były eksponowane obrazy[12].
Znaczki pocztowe
Poczta Polska wydała 16 stycznia 1992 serię 6 znaczków pod tytułem „Arcydzieła z kolekcji im. Jana Pawła II”, na których widniały – jak się później okazało – reprodukcje kopii obrazów przedstawiające m.in. portrety Murilla, Rubensa i Velázqueza[13].
Niektóre obrazy
Krąg Belliniego, Ofiarowanie Jezusa w świątyni, 1493 r.
Przypisywane Carracciemu, Madonna z Dzieciątkiem, 1587 r.
Wzorowany na Van Dycku, Odpoczynek w czasie ucieczki do Egiptu, po 1632 r.