Studiował na Uniwersytecie Wiedeńskim, tytuł doktora otrzymał w 1861 roku. W 1864 został Privatdozentem oftalmologii i w 1869 profesorem na Uniwersytecie w Innsbrucku. W 1877 zrezygnował z katedry w Innsbrucku i powrócił do Wiednia, gdzie ponownie wykładał jako Privatdozent. W 1894 został profesorem, ale zmarł w tym samym roku. W 1899 odsłonięto popiersie Mauthnera na jego macierzystej uczelni.
Die Bestimmung der Refractionsanomalien mit Hilfe des Augenspiegels. Wien, 1867
Lehrbuch der Ophthalmoskopie. Wien, 1868
Recherches sur la Structure du Système Nerveux. Paris, 1868
Die Optischen Fehler des Auges. Wien, 1872
Die Syphilitischen Erkrankungen des Auges. W: Zeissl Lehrbuch der Augenheilkunde, 1873
Die Sympathischen Augenleiden. Wiesbaden, 1879
Die Funktionsprüfung des Auges. Wiesbaden, 1880
Gehirn und Auge. Wiesbaden, 1881
Die Lehre vom Glaukom. Wiesbaden, 1882
Die Lehre von den Augenmuskeln. Wiesbaden, 1885
Die Nicht Nuclearen Augenmuskellähmungen. Wiesbaden, 1886
Diagnostik und Therapie der Augenmuskellähmungen. Wiesbaden, 1889.
Bibliografia
Seyfarth EA, Zottoli SJ. Ludwig Mauthner (1840-1894): neuroanatomist and noted ophthalmologist in Fin-de-Siècle Vienna. „Brain Behav Evol”. 37. 5, s. 252-9, 1991. PMID: 1933249.
Daxecker F. Das Schicksal des Prof. Ludwig Mauthner (1840 – 1894). „Klin Monatsbl Augenheilkd”. 225. 2, s. 173-4, 2008. DOI: 10.1055/s-2007-963750. PMID: 18293272.