Uczył się w Niższym Seminarium Duchownym w Hoogstraten, a następnie w Wyższym Seminarium Duchownym w Mechelen oraz w Kolegium Rozkrzewiania Wiary w Rzymie. 11 czerwca 1870 w Rzymie otrzymał święcenia prezbiteriatu. 24 marca 1873 złożył śluby zakonne w Zgromadzeniu Niepokalanego Serca Maryi i wyjechał na misje do Mongolii.
W latach 1873 – 1877 dyrektor niższego seminarium w Xiwanzi i do 1879 prokurator zakonny. W latach 1879 – 1881 pracował jako misjonarz na stacji misyjnej Porobalgason. W latach 1881 – 1885 ponownie dyrektor seminarium w Xiwanzi.
W 1885 powrócił do Belgii, gdzie został asystentem przełożonego generalnego Zgromadzenia Niepokalanego Serca Maryi. 17 czerwca 1887 wybrany na przełożonego generalnego Zgromadzenia Niepokalanego Serca Maryi. Na tym stanowisku wysłał pierwszych misjonarzy Zgromadzenia do Wolnego Państwa Kongo.
9 października 1898 wyjechał do Chin. 1 maja 1914 przydzielono mu koadiutora. 14 marca 1922 wikariat apostolski Centralnej Mongolii zmienił nazwę na wikariat apostolski Chaha’er. Tym samym zmienił się tytuł bpa van Aertselaera. Tego samego dnia z wikariatu apostolskiego Centralnej Mongolii wyodrębniono obejmującą nowo powstałe państwo Mongolię misję sui iuris Mongolii Zewnętrznej, której bp van Aertselaer został administratorem apostolskim.
