W 1805 r. przeniósł się do Warszawy, gdzie mieszkał aż do śmierci, uczył i malował. Nawiązał tam współpracę z Zygmuntem Voglem sporządzając dla jego albumu Zbiór sławniejszych pamiątek narodowych... (wyd. w 1806 i 1807) 16 sztychów na postawie rysunków Vogla i jeden oparty na własnym rysunku. Przedstawiały one głównie różne zabytki Polski. Dla O ziemiorództwie Karpatów i innych gór i równin Polski (1815) Stanisława Staszica sporządził miedzioryty ilustracji, a dla Śpiewów historycznychJuliana Ursyna Niemcewicza (1816) rysunki, z których inni grawerzy wykonali miedzioryty. Jako ilustrator współpracował z czasopismem Sylwan[8]. Kilkanaście lat był nauczycielem rysunku w konwikcie 00. Pijarów na Żoliborzu, uczył też w prywatnych szkołach warszawskich[9]. Nie później niż w roku 1808 r. wstąpił do loży masońskiej Zum Samariter[10]. Pochowany został na warszawskim cmentarzu ewangelicko-reformowanym. Miejsce jego pochówku nie jest znane[11].
Frey specjalizował się w rysunkach i różnych technikach rytowania, oprócz akwafortowej również akwatintowej oraz litograficznej. Znacznie rzadziej malował, głównie akwarele lub gwasze, choć znane są też jego obrazy olejne. Tematem prac artysty były różne obiekty architektoniczne Polski, krajobrazy, portrety, w tym miniaturowe, ilustracje aktualnych wydarzeń i sceny historyczne[12].
Derwojed J., 1975: Frey Jan Zachariasz. W: Maurin-Białostocka J. i in.: Słownik artystów polskich i obcych w Polsce działających, tom II. Zakład Narodowy im. Ossolińskich. Polska Akademia Nauk, Instytut Sztuki, str. 247, 248.
Muszyński Zb. R., 2001: Frey Jan Zachariasz (1769-1829). Gazeta Wyborcza dodatek lokalny lubelski, 17.06.2001 [1]